Az adóellenőrzés általában a rendelkezésre álló tények, dokumentumok alapján történik. Vannak azonban olyan esetek, ahol a törvény ezt a bizonyítási terhet megfordítja, s tkp. megengedi az adóhatóságnak azt, hogy a dokumentumokkal alá nem támasztott megállapítást tegyen, mellyel szemben természetesen van ellenbizonyításnak helye. A becslést a szakirodalom olyan módszernek tekinti, mely a törvényeknek megfelelő, valóságos adó- illetve költségvetési támogatás alapját valószínűsíti.
Az eljárás és az ellenőrzési határidő megindulását követően, egészen a vizsgálatok befejezéséig érvényesülniük kell mindazoknak a jogoknak és kötelezettségeknek, amelyekkel a jogszabályok az adózót és az adóhatóságot felhatalmazzák, illetve előírnak. Az adózói jogok és kötelezettségek az Air.-ban, míg az adóhatóság jogai és kötelezettségei az Adóig. vhr.-ben kerültek szabályozásra.